落實執行家禽休宰、消毒及撲殺防疫處置，同時補足防疫物資需求及預為撥補撲殺防疫經費，即時提供地方防疫所需
(一) 持續加強全國疫情查報及採檢確認，截至104年1月24日下午6時止，計有11個縣市送檢485場，確診445場H5亞型禽流感，由縣市動物防疫機關執行後續撲殺作業及全場清潔消毒作業，至104年1月24日下午6時計完成310場撲殺（共計936,033隻）。
(二) 為防堵禽流感疫情發生及傳播，全國家禽屠宰場自104年1月24日中午12時起至1月28日中午12時止，休宰4日，休宰期間家禽禁止移動。休宰期間防檢局各分局及財團法人中央畜產會屠檢獸醫師監督各肉品市場、屠宰場及化製場進行全面性消毒，防檢局亦會同檢調機關於休宰期間加強違法私宰查緝作業。
(三) 為能於家禽休宰期間降低病毒傳播風險，除中央人力及物資支援外，亦請案例發生縣市儘速調度轄內防疫、國防及環保最大人力與資源，執行撲殺、清運及消毒等工作，同時請業者配合清除墊料，糞便及飼料等並予以銷燬，場區內以生石灰或其它有效消毒方式消毒。相關車輛離開發生場時務必作好車輪、司機雨鞋及腳踏墊之清潔消毒。
(四) 由農委會防檢局派員至雲林縣協助調度人力及物資，除國防部國軍支援外，並由農委會農試所提供人力協助雲林縣執行防疫處置，以提升執行進度。
三、未來重點措施︰
(一) 配合家禽禁止移動、屠宰場休宰措施，預於104年1月28日於彰化、雲林、嘉義、臺南及屏東5縣市疫情熱區10個點設立檢疫站，加強進出交通要道之健康證明書、禽蛋燻蒸證明書查核及運輸車輛（運禽車、運蛋車、化製車及飼料車）消毒作業，於恢復屠宰後執行消毒檢查，降低疫病傳播散布風險，同時農委會已協調各相關產業團體及肉品市場，秩序產銷並加強供需調節，以充分供應市場所需，穩定供銷秩序。
(二) 民眾關切雞、鴨、鵝、豬等相關產品供給狀況，農委會已實施因應計畫，維持市場供應的平穩，並請消保處、公平會嚴查有無囤積抬價等影響市場交易秩序等違法行為。
四、輿情回映或說明事項︰
(一) 補足防疫物資需求及預為撥補撲殺防疫經費，即時提供地方防疫所需
農委會說明，禽流感發生縣市所需之防護衣、N95口罩及平面口罩之物資，已於昨日釋出補足。另為協助地方加速撲殺及防疫處置，1月23日已撥付包含撲殺及防疫經費共計約1億3千7百餘萬元予禽流感發生縣市，請禽流感發生縣市儘速完成撲殺補償評價，提送該會核定。
(二)畜衛所比對臺灣3株新型禽流感病毒之HA基因序列，推測此三株病毒是由同一批候鳥所攜入
農委會家畜衛生試驗所（畜衛所）又完成鴨鵝禽流感病毒H5N3之八段基因定序。經序列比對結果，H5N3禽流感病毒之H5基因與2014年韓國巴鴨H5N8禽流感病毒之H5最相近，N3則與2006年日本新瀉縣鴨H5N3禽流感病毒之N3最相近，其他6段內部基因也均隸屬於中國禽流感病毒池的內部基因，再次證實鴨鵝禽流感病毒均係新入侵病毒。
另針對荷蘭禽流感專家在與農委會視訊會議中表示荷蘭去年發生的5件 H5N8禽流感案例中，由H5序列的差異推測是由四批候鳥分別引入所致，畜衛所檢視臺灣新型禽流感病毒H5N2、H5N3及H5N8之H5基因序列，發現其彼此間之相似性達99.3%以上，並與2014年韓國巴鴨H5N8禽流感病毒之H5相似性達98.8%以上，且該等病毒被檢出時間相當接近，證據顯示此三株病毒很可能是由同一批候鳥攜帶來臺。