近年來本縣致力於農業科技化生產，建立安全農業體系，廣開農產品行銷通路及開啟本縣農特產品優良品牌，邁向本縣建立「農業首都」之路時，本縣農漁會信用部提供農漁民及農漁業者經營所需資金，是促進本縣農漁業轉型發展的重要支柱，惟時代及經濟環境不斷改變，加上前幾年政府金融自由化及開放金融機構政策，本縣農漁會面臨了前所未有的挑戰，本縣農業金融體系亦遭受嚴重考驗。但是這幾年來，本縣農漁會信用部積極的努力、轉型，除加惠服務農民存款、放款外，近來更拓展各項代收業務，如信用卡費、國民年金費及黨費等費用均可在農漁會信用部繳納，亦開辦人民幣外匯買賣業務，期使在未來，繼續本著「服務農民」的宗旨，能夠締造農漁會另一新世紀。
農業處表示本縣為農業大縣，工商資源尚屬缺乏，本縣農漁會信用部慘澹經營，在90年代時存款大約828億元，放款460億元，存放比率約為51％，然逾期款項為95億元，逾期放款比率約為20.76％，總盈餘約為虧損1億元；歷經最近10年農漁會努力改善，信用部經營品質已獲具體成效，截至100年底止，本縣農漁會信用部存款總餘額1,115億元較90年底止增加287億元，同期間之放款441億元，逾期放款14億元，逾期放款比率3.27％，逾期款項減少81億元及逾期放款比率降低17.49個百分點，農漁會信用部的業務和經營效率有顯著改善，並整體財務結構與業務盈餘逐漸穩定成長。
農委會、財政部在90年代大幅整頓基層農業金融，曾讓農會信用部經營得非常辛苦，但本縣鄉鎮市農會在這幾年來已「撥雲見日」走出陰霾，尤其去年農委會所舉辦第5屆農金獎評選，本縣二崙鄉農會、崙背鄉農會及林內鄉農會分別獲得專案農貸績效優等獎及重設信用部經營績效特等獎；且各鄉鎮市農會盈餘相較往年大幅增加，去年盈餘4億7千萬餘元相較前年（99）年3億3千萬餘元，增加1億4千萬元，成績斐然，逾期放款比率1％以下者有9家，資產品質提高，盈餘多，平均員工年終獎金都比往年增加不少。
農業處呂處長政璋強調為改進本縣農漁會信用部經營，除積極督導循繼農業金融相關法規，提昇金融監理效能，健全信用部業務經營外，更加強辦理政策性農業專案貸款，協助農漁民及農漁畜企業順利籌措經營所需資金，落實政府照顧農漁民政策。