雲林縣政府辦理98年度漁船漁筏收購計畫， 因執行時計價錯誤產生價差計新台幣1,624萬1,000元整，期間立法委員、雲林縣議會議長、副議長、議員均相當關心此案，不論在立法院或縣議會都有開協調會，一致希望農委會漁業署及本府對於此紛爭能儘速妥善處理，以解決並減少漁民衝突，避免浪費社會成本。
蘇治芬縣長針對此案相當關心與重視、指示應站在照顧漁民的立場，合情合法合理的處理。本案漁民於100年7月向高等行政法院提起行政訴訟，並於101年2月6日由原告提出願以原價差之8成與縣府達成和解。在此之前本府政風單位亦深入調查本案，並確定本案處理上有關漁業署複審、核定與本府計價過程均涉有行政瑕疵，而縣府相關承辦人及科長已受懲處，調查資料並送雲林縣議會。
農業處長呂政璋表示，特別感謝議會支持通過墊付案。本案前後歷時2年5個多月，
為避免訟累、解決紛爭及早日平息民怨，雙方達成和解共識與條件，並經雲林縣議會於
101年3月22日臨時會大會同意以墊付案方式，基於政府一體由縣府概括承受補償漁船
漁筏收購價差計新台幣1,299萬2,800元整。至於農委會漁業署應承擔部分，本府農業處
長再3/17(六)於台南改良場向農委會主委面報此事，同時縣府亦將積極爭取該署儘速撥
補，並承擔其責任。