成立背景雲林為農業大縣，務農人口占縣內總人口數之49.7 %，農戶人口比率居全國之冠，在身為全台最大農產中心的同時，存在全台規模最大的石化工業-台塑六輕，而要如何在工業與農業環境間取得平衡，是中央及地方政府皆應正視的問題。雲林縣為全台灣農業產值最高的縣市，但卻也是台灣西部走廊縣市中經濟最為落後的縣市，為能提高當地經濟及就業機會，中央與地方政府同意台塑六輕進駐雲林縣麥寮鄉建置面積高達2600 公頃的典型「填海造地型」工業區。雖然六輕聲稱對於空氣、廢水、廢棄物及生態的監測皆有管控，但自六輕營運以來，對於農業環境的影響從歷次發生的工安事件，已顯示出六輕控管上有所疏漏，雖中央研究報告並未明確顯示六輕工業廢氣、廢水對於居民健康及環境會造成嚴重影響，但民眾生活在這樣的環境，已產生安全性的疑慮。此疑慮更在99 年7 月發生的二次重大工安事件爆發開來。99 年7 月25 日六輕工安事件爆發同時，六輕工業區附近養殖魚塭之文蛤、吳郭魚、虱目魚及畜牧養殖鴨隻陸續出現大量集體死亡及暴斃，造成農業災損，這不僅是造成安全農業品牌的威脅，更是讓長久蒙受空氣污染的農漁民發動抗爭的導火線。雲林縣政府為維護這片土地安全與人民健康，站在第一線為人民發聲，除強烈要求中央立即調查台塑六輕火災原因及實施六輕總體檢外，並向台塑公司提出農漁業補償及環保公義等回饋地方的九項訴求，其中一項訴求即為建構安全農業環境及發展所須之「雲林縣農業發展安定基金」，由台塑企業副總裁王瑞華承諾提撥30 億元，分四年給付，作為農業發展安定基金使用 。雲林縣政府表示，雲林縣農業發展安定基金將秉持公平、公正、公開的精神，妥善運用，以發展安全農業為主軸，建構在友善環境的基礎上，堅持「對農民有幫助的，就去做」的理念，造福在地農漁民，期許雲林農業朝永續發展，營造綠金新產業，也更為我們的下一代，留下安全、無污染的環境。